Menurut sebuah sumber, penyebab aktris berusia 33 tahun ini menggugat pria berumur 49 tahun ini karena Cruise yang sangat terikat dengan gereja Scientology dan membuatnya takut jika aktor Mission Impossible ini akan menarik anak perempuan mereka lebih dalam ke agama tersebut.

Holmes menggugat cerai Cruise lantaran tak ingin putri semata wayangnya Suri, 6 tahun,ikut agama Scientology yang dianut Cruise. Dikatakan pula, Homes sudah tak tahan lagi dengan agama itu.

Saat mulai pacaran tahun 2005, Holmes begitu terpesona pada Cruise dan tak memikirkan agama yang dianut Cruise.Di usia 6 tahun, Suri harus mulai menjalani pengajaran Scientology sebagai jalan hidupnya. Hal ini yang ingin dicegah Holmes dengan mengajukan gugatan cerai cdan minta hakasuh anak atas Suri.